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主要研究方向为儿童糖尿病领域，涵盖儿童糖尿病流行病学研究、生存、代谢控制状况及胰岛素抵抗相关疾病范化研究。先天性高胰岛素性/新生儿糖尿病临床与遗传学研究。性腺研究主要包括婴幼儿乳房发育临床监测、DSD病因学及Kallmann综合征的基因学研究、小阴茎的、AAA综合征的遗传学研究、DSD患者体格发育研究、Silver Russule 综合征遗传学研究等。同时承担研究生教学以及留学生英文教学。
巩纯秀学术兼职中华医学会儿科内分泌遗传代谢学组副组长，中华医学会糖尿病学会委员，中华医学会糖尿病学会1型糖尿病学组副组长，北京医学会儿科分会内分泌遗传代谢学组组长，中华医学会糖尿病学分会北京分会委员，原亚太儿科内分泌学会理事会理事，中国医师协会内分泌代谢学分会常委。中华儿科杂志编委,中华医药杂志常务编委，中华糖尿病杂志编委，中国糖尿病杂志编委，中国实用儿科杂志编委，中国小儿急救医学编委，免疫分析与临床杂志编委，柳叶刀糖尿病内分泌中文版编委。
儿童内分泌科检查项目包括：血糖、血脂、甲状腺功能五项、生长、性检查、甲状旁腺和嘌呤检查以及电解质检查等。不同的疾病，需要检测的项目也有不同。具体检查什么项目，需要内分泌科医生根据临床症状进行判断。
儿童内分泌科主要看的是儿童发育中分泌的问题和基础代谢疾病方面的问题。如果儿童发育中分泌过多会导致巨人症和肢端肥大症，如果生长缺乏或严重分泌不足就会出现矮小，如果孩子的性分泌异常，可能会出现性早熟，这是儿童内分泌的常见疾病。如果是基础代谢疾病有问题，如儿童糖尿病和甲状腺疾病，这也是儿童内分泌科的常规诊断和。